1864, entre les revers subis par les patriotes du clan Choshu et la montée en puissance des forces shogunales comme le Shinsengumi, Kenshin vit les heures troubles de la fin de l'ère Edo.
Lui et Tomoé se marient et partent s'installer près de Kyoto pour vivre cachés. Ils mènent une existence paisible mais Kenshin redoute toujours la menace invisible que représentent les guerriers de l'ombre du shogunat et le traître des patriotes. C'est alors que le petit frère de Tomoé leur rend visite.