1939. Mobilisé par un régime qu'il déteste, Jünger est à nouveau sous l'uniforme. Ce n'est plus le même homme, ni la même armée. L'expérience, elle aussi, sera différente. Après une campagne au cours de laquelle il n'est jamais en première ligne, et à part une mission dans le Caucase comme observateur, il est un occupant à Paris, puis le chroniqueur d'un coin d'Allemagne occupée. Les journaux de la Première Guerre s'organisaient en grands chapitres ; ceux de la Seconde sont datés au jour le jour. Dans un décousu apparent et très concerté, ils font place à des notations sur les opérations militaires, à des rencontres avec écrivains et intellectuels, à l'examen de soi, des hommes et de la nature, aux amours, aux rêves, aux lectures. Jünger lit notamment la Bible ; le christianisme devient pour lui un allié contre le nihilisme triomphant. Sans dissimuler son hostilité aux nazis et à l'antisémitisme officiel (il lui arrive de saluer militairement les porteurs de l'étoile jaune), il reste à son poste et n'attaque pas le régime de front. On parle d'émigration intérieure pour qualifier cette position complexe, que les contempteurs habituels de Jünger simplifient à l'envi. Hannah Arendt était plus nuancée. Tout en constatant les limites de cette attitude, elle voyait dans les journaux de l'occupant Jünger « le témoignage le plus probant et le plus honnête de l'extrême difficulté que rencontre un individu pour conserver son intégrité et ses critères de vérité et de moralité dans un monde où vérité et moralité n'ont plus aucune expression visible ».