Parti de New York pour fuir les polémiques autour de l'Iraq, Kuper se retrouve au coeur des affrontements entre la police et la APPO (Assemblée populaire des peuples d'Oaxaca) dans ce qu'on appellera plus tard la révolte d'Oaxaca. Journal d'Oaxaca est le résultat du hasard : se trouver au bon endroit au mauvais moment. Kuper commence à consigner, dans des courrier électroniques qu'il envoie à ses amis, les faits qui mettent à feu et à sang la ville mexicaine, un peu pour rassurer ses proches mais aussi en réaction aux mensonges et approximations des médias qui couvrent la révolte. Ses mails font le tour du monde, sont relayés par de nombreux sites internet et font apparaître au grand jour la féroce politique répressive du gouvernement mexicain. Carnet de croquis à la main et appareil photo en bandoulière, Kuper parcourt les rues d'Oaxaca, dessine les barricades et les charges de la police mais s'attarde aussi sur la beauté d'un visage ou d'un cactus majestueux, pour satisfaire sa nécessité « d'illustrer les moments obscurs d'Oaxaca et d'en capturer en même temps la lumière ».
En décembre 2010, Kuper est retourné à Oaxaca, sur les lieux de la révolte de 2006, et a ajouté un dernier chapitre au livre en mettant ainsi en perspective son témoignage et ses impressions.
Entre carnet de voyage et reportage dessiné, Journal d'Oaxaca démontre une fois de plus le talent de Peter Kuper, observateur attentif de la vie qui l'entoure et chroniqueur engagé du monde contemporain.