No início do reinado de Felipe III (1598-1621, as relações entre a Monarquia Hispânica e a Inquisição Portuguesa entraram numa nova fase caracterizada por constantes desacordos. O conflito provocado pelo perdão geral que os cristãos-novos solicitavam foi acompanhado por outros motivos de tensão entre a Coroa e o Santo Ofício. Deste modo, nos cinco anos que mediaram entre 1599 e 1604, sucederam-se quatro inquisidores gerais, a Coroa projectou a reforma do Tribunal e proibiu-se em várias ocasiões a celebração de autos de fé. Simultaneamente multiplicaram-se as tensões entre a Inquisição e a Santa Sé, em resultado das apelações feitas por alguns cristãos novos ao Sumo Pontífice.