Étudiant au lycée catholique de la fondation NERV, Shinji Ikari est secrètement amoureux de sa camarade Rei Ayanami. Un soir où il la surprend avec un élève qu'il ne connaît pas, il est témoin d'une scène d'une violence inouïe où son amie affronte une créature démoniaque et au terme de laquelle la vie de Shinji va basculer...