Administração Tributária na vertente da Alfândega é uma instituição milenar e o direito aduaneiro é um ramo muito especial no quadro já especial do direito tributário, o que impõe a compreensão dos seus conceitos, princípios próprios e uma abordagem acadêmica própria e de modo autónomo considerando os grandes desafios que cada vez mais se abrem a nível da facilitação do comércio vs controlo e riscos conexos.
A aplicação de regimes especiais aduaneiros em determinados sectores quer a nível do controlo e como da tributação aduaneira exige das autoridades, dos aplicadores e benefícios a melhor e devida compreensão do rácio subjacente, implementação de compliance público sob pena de haver perdas não só na arrecadação de receitas tributárias mas também em bens e favorecimento de planeamento fiscal aduaneira não de forma devida.