Les fromages, les laitages, les viandes de porc séchées et fumées, et les champignons ont une place importante dans la cuisine franc-comtoise. Pays du Comté et des vins du Jura, la région est également riche en gibier de toutes sortes. Terre d'élevage, la Franche-Comté a développé une charcuterie de qualité. La variété de ses ressources permet la préparation de nombreuses spécialités gastronomiques particulièrement délicieuses.