Leibniz construit, teste et vérifie sans cesse la pertinence et la cohérence de sa philosophie en la rapportant aux conclusions des autres disciplines.
Cette méthode heuristique nourrit son dialogue avec les sciences mathématiques et physiques; moins connus, les enjeux révélés par la réforme moderne de la médecine et la chimie suscitent une interrogation sur la vie et la qualité. Ces sciences expérimentales s'avèrent en effet cruciales pour une philosophie de la nature qui cherche à concilier le mécanisme et le finalisme à travers les concepts d'entéléchie et de monade.
Elles obligent en outre à préciser la logique de l'expérience, la fonction de la raison, le statut des principes explicatifs (loi, cause, éléments, analogie). Enfin, elles exigent un fondement qui permette de rapporter les phénomènes organiques à leur véritable origine: la vie. Ce programme se réalise de façon systématique dans la controverse qu'entretiennent Leibniz et Stahl au sujet d'une philosophie de la nature capable de prendre acte des découvertes modernes de la médecine et de la chimie, tout en fondant ces connaissances sur une théorie générale de la substance et de la vie.