Publié en 1940, un an après le recueil capital des Essais d'iconologie et la même année que «L'Histoire de l'art comme discipline humaniste», Le Codex Huygens et la théorie de l'art de Léonard de Vinci demeure, plus d'un demi-siècle après sa parution, un texte fondamental.
Reconstituant minutieusement l'état originel d'un manuscrit négligé depuis sa redécouverte en 1915, Erwin Panofsky démontre son exceptionnelle valeur documentaire. Le Codex Huygens date de la fin des années 1560. Ses nombreuses illustrations, de même que les textes qui les accompagnent, reprennent pour la plupart des originaux de Léonard dont un certain nombre a disparu.
Présenté par Panofsky - chaque folio est décrit et commenté -, le Codex Huygens est accompagné d'un long essai, mise au point sur les trois thèmes principaux du Codex : la théorie des proportions, l'étude des mouvements du corps humain, la conception de la perspective. Ce livre court et clair, illustré de la plupart des dessins du codex original - certains directements calqués de ceux de Léonard - constitue ainsi une synthèse savante mais brillante des travaux effectués séparément par Panofsky sur ces différents thèmes.
Identifié avec certitude en 1981 seulement, l'auteur du Codex Huygens, le peintre Carlo Urbino, célèbre à l'époque pour sa science en perspective, prolonge fidèlement la pensée de Léonard. Mais le caractère rétrospectif et inachevé de son entreprise marque aussi la fin d'une tradition : l'alliance de l'art et de la science, une des grandes ambitions de la Renaissance, est battue en brèche à Milan où Charles Borromée met en place la Contre-Réforme.