Privée de sa mère, de sa vue et de ses jambes, Nunnally a pu continuer à vivre grâce au soutien de Lelouch, son grand frère.
Mais il semble que le Saint-Empire de Britannia lui ait aujourd'hui pris cet être adoré. En effet, Lelouch a disparu et on le présume mort ! La jeune fille, désespérée et furieuse va s'éveiller à un nouveau Geass se déchaîner et, grâce à un mystérieux Knightmare, attaquer l'immense empire !