L'utilisation de Freya, l'arme absolue britannienne, a désintégré la moitié de Tokyo ainsi que sa population. Suzaku, terrorisé par la portée de ce geste, ne sait plus comment agir. De son côté, Zéro est acculé, Schneizel révèle sa véritable identité à ses alliés les Chevaliers Noirs et la Confrérie Japonaise. Tout semble perdu, même pour l'homme capable de faire des miracles !