En 1798, Bonaparte prend la tête de l'expédition d'Egypte destinée à ruiner la domination anglaise en Méditerranée. Il embarque à Toulon le 19 mai, amenant 170 savants, archéologues, astronomes, linguistes, historiens et botanistes. Ce dernier débarque à Alexandrie le 1er juillet. La victoire des Pyramides du 21 juillet lui ouvre la route du Caire. La flotte française est détruite à Aboukir les 1er et 2 août. Bonaparte doit rester en Egypte. Il part à la conquête de la Syrie pour contrer la menace turque et s'empare d'El-Arich, Gaza, Jaffa le 6 mars 1799 et du mont Thabor le 16 avril. En juillet, Bonaparte ayant appris le revers des Français en Europe, décide de s'embarquer secrètement pour la France en confiant le commandement au général Kléber.