Després de derrotar la Germania, la noblesa aconseguí un predomini econòmic i social gairebé absolut. Però aviat s'agreujaren les lluites entre diferents bàndols de nobles, que no dubtaren en contractar bandolers per a combatre els seus enemics.Paral?lelament, la nova Inquisició, d'origen castellà, incrementà el control i la persecució dels descendents dels jueus conversos de Mallorca. Els grans processos inquisitorials del 1678 i del 1691 crearen el problema xueta. La discriminació política, i sobretot social, d'aquest col?lectiu és una taca negra de la nostra història que perdurà durant segles. Afortunadament avui ja està plenament superada.D'altra banda, els corsaris turcs i del nord d'Àfrica aconseguiren destruir poblacions tan importants com Maó i Ciutadella i atacaren nombrosos indrets costaners. Per evitar els seus atacs tota la costa es va omplir de torres de vigilància i es reforçaren les fortaleses i murades. Però malgrat tots aquests problemes, l'economia i la població es varen anar recuperant poc a poc. Mallorca superà per primera vega el sostre dels 100.000 habitants el 1667 i Formentera fou repoblada definitivament a partir de 1695. El renaixement i el barroc també arribaren a les Illes Balears i aparegué el primer historiador, Joan Baptista Binimelis.