Pourquoi Desmond Miles est-il prisonnier d'un laboratoire expérimental secret et ultrasécurisé ? Que cherchent les mystérieux scientifiques qui s'acharnent sur lui ? Quel formidable secret recèle sa mémoire génétique, enfoui tout au fond de son ADN ? Pourquoi ainsi fouiller dans le passé des ancêtres de Desmond, qui tous appartenaient à la secte des Assassins ? Ne savent-ils pas qu'il est dangereux de réveiller la mémoire d'un Assassin ?