Au cours de leur voyage vers la capitale, Arata et ses compagnons sont arrivés sur une étrange îlepeuplée uniquement d'enfants où ils ont fait la connaissance de Nagu et de sa petite soeur jumelle Naru. Mais Arata et ses amis ne tardent pas à découvrir que tous les enfants de l'île, y compris la petite Naru, ne sont en fait que des illusions créées par Nagu, ce dernier étant le fourreau de l'épée Hayagami ?Hakua? qui permet de donner vie aux dessins. Arata n'aura-t-il pas d'autre choix que d'asservir le petit Nagu avec qui il s'est lié d'amitié ? Kotoha, quant à elle, commence à douter de la véritable identité d'Arata et celui-ci va devoir lui avouer qui il est réellement. Pendant ce temps, dans le Japon moderne, l'autre Arata va faire la connaissance d'une mystérieuse jeune fille...