Le jeune lycéen Arata s'est soudainement retrouvé dans un monde lointain, étrange et mythique. Aussitôt accusé du meurtre de la princesse de ce monde, il s'empare, afin de se défendre, d'une épée divine Hayagami qu'il trouve par hasard à portée de main. Tout de suite, l'arme semble l'avoir choisi pour qu'il en devienne le propriétaire. Mais Arata se fait finalement arrêter et est déporté sur l'île pénitentiaire de Gatoya. Très vite, il va être confronté aux atrocités que doivent endurer les détenus et il devra apprendre à se servir de sa nouvelle épée Hayagami qu'il peut ranger à l'intérieur de son corps lui servant de fourreau.