Max, le grand-père de Ben, a disparu. Cela ne peut signifier qu'une chose : les aliens sont de retour sur Terre ! Pour sauver sa famille, Ben n'hésite pas à réactiver l'Omnitrix. Il se découvre alors de nouveaux superpouvoirs qu'il devra apprendre à maîtriser pour combattre la mystérieuse Confrérie des Chevaliers...