Cet ouvrage rassemble une partie des exposés donnés lors de l'École thématique du CNRS "Logique, Sciences et Philosophie", organisée par Jean-Baptiste Joinet, qui s'est tenue au Centre culturel international de Cerisy-la-Salle, en 2006, à l'initiative du groupe "Logique et Interaction : Géométrie de la Cognition" (LIGC).
La première partie, intitulée "Physique et intuition", réunit des contributions concernant l'intelligibilité de la nature.
La deuxième partie, "Nature et calcul : de la logique au sujet", introduit de manière critique la conception de la nature-calcul, en abordant d'un côté les limitations de la thèse de séparabilité entre systèmes calculables et systèmes chaotiques (G. Dowek), et de l'autre la différence entre déterminisme et prédictibilité en tant qu'elle questionne la thèse de Church physique (G. Longo, T. Paul).
La troisième partie,consacrée aux "Processus et primitives de cognition", aborde les questions de signification et d'ontologie.