Con frecuencia los explantes in vitro presentan contaminación microbiana, principalmente de origen endógeno. Esta problemática representa uno de los principales obstáculos en el proceso de micropropagación de material vegetal. En el caso específico de los frailejones, se ha documentado la aparición de necrosis tisular y la proliferación de microorganismos endógenos como problemas recurrentes en el uso de esta técnica de cultivo. Con el fin de iniciar un programa de multiplicación masiva de Espeletia paipana libre de contaminantes endógenos, se propuso aislar, caracterizar e identificar, mediante técnicas microbiológicas y moleculares, microorganismos endófitos asociados a los explantes. Se realizaron los aislamientos de los microrganismos a partir de hojas, peciolos y tallos de brotes in vitro. Mediante tinciones de Gram y pruebas bioquímicas se describieron las características morfológicas de los microorganismos. Finalmente, se llevó a cabo la identificación molecular basada en la ARNr 16S. Como resultados se obtuvieron colonias bacterianas de una coloración blanquecina, traslúcidas, de tamaño mediano, consistencia cremosa con forma irregular, elevación convexa y bordes ondulados. Según la coloración de Gram, las bacterias corresponden a bacilos gram negativos. Las pruebas bioquímicas evidenciaron resultados positivos para las pruebas oxidasa, catalasa, fermentación de glucosa y movilidad. Tras considerar las propiedades bioquímicas y metabólicas, fue posible determinar quelos microorganismos aislados pertenecen al género Pseudomonas. Sin embargo, esta información fue corroborada por la identificación molecular, en donde los resultados presentaron una similitud del 100% a Pseudomonas y podría tratarse de Pseudomonas poae. Estos resultados podrían ser de gran utilidad para potenciar el uso de estas bacterias del género Pseudomonas como promotoras del crecimiento y antagónicos en frailejones.