En las postrimerías del año del Señor de 1659, cuarenta mil cristianos se aglomeran en la lluviosa Plaza Mayor, en la capital de la Nueva España, para presenciar el primer auto de fe realizado en diez años por el Santo Oficio.
El pueblo sigue a los condenados de esa tarde que, en solemne procesión, se dirigen al Quemadero, donde morirán abrasados hasta convertirse en cenizas. Entre aquellos miserables destaca un hombre de grandes ideas, cuya habilidad para vencer enemigos con la pluma o la espada se haría legendaria: Guillén Lombardo, el Basilisco, un hombre extraordinario nacido en Irlanda que pasó diecisiete años en prisión por conspirar en contra del virrey y denunciar los abusos de las autoridades civiles y eclesiásticas.
Adelantado a su tiempo, el Basilisco pasó su vida entre Irlanda, la corte española y la Nueva España, donde murió por ser fiel a sus principios. Pirata, conspirador, rebelde y poeta, su vida fue una aventura. Se dedicó al estudio y la ciencia en una época oscura en la que el saber estaba prohibido.
Esta novela rescata las memorias de un personaje excepcional, «el diálogo final que don Guillén [...] sostuvo en sus vísperas con Dios y con el ausente lector que se atreviera a orar por él, a leerlo y encontrarlo».