A relação entre filosofia e ciência na obra de Edith Stein está intrinsecamente relacionada com seu modo de conceber a fenomenologia. Stein observa que o seu mestre Edmund Husserl, em suas obras, desenvolvera um método de análise objetivo das essências, isto é, sua fenomenologia buscava ser uma ciência descritiva que tinha como escopo as essências que aparecem na consciência.
Edith Stein, no contexto da fenomenologia assumida, cultiva algumas resistências epistemológicas. Estão, em suas críticas as afirmações do positivismo, que apresentava uma contundente visão antimetafísica e permeava toda a filosofia contemporânea. Da mesma maneira se volta para as construções da psicologia empírica, que reduzia a análise do ser humano ao empírico e, nesse compasso, também para os desdobramentos do psicologismo, herdado de Husserl, que reduzia a lógica a bases psicológicas ocasionando um conhecimento fundado no relativismo. Por fim, sua resistência ao idealismo de natureza kantiana, que ela incorpora mas transforma por meio da aplicação do método fenomenológico.
Edith Stein, indica em suas obras finais que cada coisa, por sua essência, carrega algo de mistério, que remete a uma outra realidade, e é a linguagem poética quem permite captar essa relação epistemológica. A transitoriedade do ser finito que indica a relação com o eterno só pode acontecer através de metáforas. A linguagem metafórica é necessária para a compreensão da realidade, pois ela não reduz a uma perspectiva isomórfica da ciência. Dessa forma a filósofa abre o caminho para um epistemologia de natureza poética com contornos místicos.