António de Freitas, um jovem aluno do seminário de Angra nascido na ilha das Flores poucos anos antes do dealbar do século XIX, decide abdicar da vida monástica e embarcar, em 1810, numa viagem rumo aos longínquos mares da China, onde sonha fazer-se rico. Para companheiro de fortuna e infortúnios, desencaminha um rapaz que com ele estudara na Terceira, também sem vocação beata mas com apreço pela leitura e talento para a escrita, que é na verdade quem há-de contar a sua história.

Depois de inúmeras peripécias e confrontos, numa sucessão de episódios de autêntica pirataria nos vários navios em que são engajados, o par instala-se então em Macau, acabando António de Freitas por dedicar-se ao tráfico de ópio - na época, um negócio regularizado -, enquanto o seu amigo se entrega doidamente ao vício. Nas Flores, restará um dia um vistoso túmulo de tíbias cruzadas e caveira e um mosteiro cuja elevação está rodeada de mistério e que, volvidos quase duzentos anos, continua a marcar a paisagem da Fajãzinha. E no Oriente, rodeado de prazeres, o narrador destas aventuras vai-se deixando enlevar.

Entre o relato de viagens e o romance histórico, O Pirata das Flores discorre sobre a aventurosa vida de uma personagem extremamente arrojada para a época, à boa maneira de um Sandokan ou de um capitão Morgan, que ainda hoje alimenta as mais variadas lendas nos Açores.