O que aconteceu ao Neptuno? O maior submarino do mundo está desaparecido, algures no oceano Altântico. O Willy não resiste a entrar em ação. Que seres terríveis terá ele de enfrentar? Será que tem a solução?
Quando o maior submarino do mundo - o Neptuno - desaparece algures nas profundezas do oceano Atlântico, o Willy e o urso Randolph pensam logo no que fazer para ajudar a salvar os marinheiros e evitar uma tragédia. Para isso vão precisar de contar com alguns amigos: o Pássaro de Cabeça para Cima, a Gaivota Carlota, o Boris Baleia-azul e, ainda, o Tubarão e os seus piratas.
Rapidamente, todos se apercebem de que a solução é enfrentar o Alfredo, o Arenque Assassino, e o seu cardume de cem arenques abomináveis, que capturaram o Neptuno para comerem os marinheiros! Será que o Willy e os seus amigos conseguem vencê-los e, assim, transmitir uma mensagem muito importante ao mundo inteiro?