¿Secretario de San Ignacio? ¿Gobernante en la sombra? ¿Teólogo y divulgador en los inicios de la espiritualidad ignaciana? ¿Quién fue? Formado en el seno de una familia de pudientes comerciantes burgaleses y tras una seria formación en París, Juan Alfonso de Polanco decide ingresar en la Compañía de Jesús tras hacer los Ejercicios Espirituales en Roma (1541) con el Jesuita Diego Laínez; dejaba atrás un futuro prometedor como «scriptor apostolicus» en el Vaticano. Sus cualidades y dones naturales ofrecían un perfil muy adecuado para ser el perfecto secretario. Fue el hombre de confianza, «memoria y manos», de los tres primeros Generales de la Compañía de Jesús: Ignacio de Loyola, Diego Laínez y Francisco de Borja. Pero Polanco fue más que un Secretario. Uno de los silenciosos arquitectos de la nueva Orden que en 1540 había recibido la aprobación del Papa Paulo III, fue Asistente general y Vicario de la Orden; teólogo en Trento y profundo conocedor de los Ejercicios Espirituales. Hombre de consejo, profesor y riguroso historiador de los primeros años de la Compañía de Jesús (Chronicon Societatis Iesu, 6 vols.), Polanco no se vio libre del conflicto.