Thobari a enfin révélé la vérité et chacun a retrouvé ses souvenirs : dix ans plus tôt, alors qu'elle cherchait à éliminer le Shinrabanshô, Asahi a enfreint l'interdit pour ressusciter son fils Miharu, assassiné par Kotarô Fuma.
Mais alors que l'heure est venue de faire disparaître la technique secrète, l'histoire se répète, et un ultime combat s'engage, qui scellera le destin des ninjas de Nabari.