Les yeux des morts se déroule à l'hôpital Lariboisière à Paris. Dans cet hosto du Nord de la capitale se concentrent tous les naufragés de la ville, les alcoolos, les toxicos, les suicidaires à la petite semaine. L'auteur braque la lumière sur le négatif du Paris bobo qu'on n'arrête pas de nous vendre ici et là, un Paris populaire qui reste celui qu'il a toujours été, un Paris dur et âpre où chacun tente comme il peut de survivre.
Les yeux des morts nous font suivre les traces de Gabriel Ilinski : Gabriel n'est pas flic, il travaille à l'Identité Judiciaire où il est responsable du relevé des empreintes digitales sur les scènes de crime. C'est par hasard qu'il se retrouve plongé dans une affaire de meurtre, après la découverte du corps d'un jeune toxicomane à proximité de Lariboisière. La police se désintéresse de cette disparition, qu'elle met sur le compte de la drogue et de ses pratiques dangereuses, mais Gabriel refuse de laisser tomber, persuadé que tout s'est joué à l'hôpital. D'autant que quelques jours plus tard, un autre adolescent disparaît au coeur même de Lariboisière, cette fois-ci victime soi-disant d'un suicide.
Opiniâtre, obsessionnel, hanté par une peur panique de l'abandon, Gabriel décide de simuler un suicide pour se faire hospitaliser à son tour et mener une enquête infiltrée. Une fois sur place, il fait la connaissance du personnel soignant, de malades plus ou moins psychotiques, plus ou moins touchants, et cherche le coupable idéal. Dans le même temps, il tombe follement amoureux de la médecin-chef qui l'a ramené à la vie.
Alors qu'il sort de l'hôpital et commence une relation amoureuse possessive et passionnée avec elle, il réalise progressivement que cette médecin-chef n'est pas celle qu'elle prétend être. Sous ses airs d'ange sauveur, pointe la noirceur de la mort. Gabriel sombre dans une spirale de folie et de possession qui le mène au coeur de la vérité de son enquête mais aussi au bord du gouffre de sa raison...