En 1575, l'Espagne de Philippe II s'enfonce dans des problèmes politiques liés à la conquête de l'Amérique et aux sciences naissantes.
Dans un couvent qu'administre Thérèse d'Avila, la rumeur publique l'affirme : une religieuse porte sur son corps les stigmates du Christ. Pour la sainte Inquisition cela ne peut être qu'une ruse du Démon, mais pour la religieuse c'est au contraire une Grâce divine. S'ensuit une lutte entre le pouvoir religieux et les plus hautes juridictions pour déterminer si cette Soeur est sincère, possédée ou à l'origine d'une vaste supercherie.
Le narrateur de ces évènements, Lorenzo de Cepeda, riche marchand de retour d'un long périple en mer du Japon, n'est autre que le propre frère de Thérèse d'Avila. A son insu, il se plonge dans la plus incroyable des énigmes de la chrétienté de ce temps : les stigmatisés.
Déchiré entre l'exaltation de la foi que prêche sa soeur et les guerres sans partages que se livrent les Ordres religieux, don Lorenzo oscillera sans cesse entre certitude et doute, renoncement et devoir.