En 204 avant JC, à Alexandrie, les conseillers du pharaon Ptolémée Philopatôr sont prêts à commettre les pires sacrilèges pour s'emparer du pouvoir. 600 ans plus tard, un meurtre est commis au sein du Musée, temple de la connaissance d'Alexandrie. Hypatie, jeune philosophe grecque, va mener une enquête périlleuse en compagnie de son père, le mathématicien Théon, dans une période troublée par la montée du fanatisme religieux et l'intolérance. Ensemble, ils vont faire ressurgir les mystères du passé. Hypatie d'Alexandrie a réellement existé. Philosophe de renom, mais aussi mathématicienne et astronome, elle a été évoquée par des auteurs tels que Leconte de l'Isle, Umberto Eco ou Hugo Pratt. Le film Agora, réalisé par Alejandro Amenabar, est inspiré de sa vie.