1984, banlieue parisienne. Au pied des tours des cités, les caïds locaux viennent recruter leur nouvelle main-d'oeuvre parmi les jeunes désoeuvrés de la deuxième génération d'immigrés qui ne se voient aucun avenir dans cette société qui ne s'intéresse pas à eux.
Le Temps des Cités raconte l'histoire de Momo, Pap, Rachid et Patrick, quatre jeunes de la cité des Mirabelles, qui entament ainsi leur ascension dans le cercle très fermé de la pègre française. En quelques années, ces petits délinquants vont devenir à leur tour des caïds qui affronteront leurs aînés dans une lutte sans merci pour le contrôle des milieux mafieux. Pris dans les règlements de comptes entre gangs, ils parviennent à gagner la confiance de leurs patrons qui ne voient pas en eux autres choses que de fidèles exécutants de basses besognes. Tout comme la police, qui mettra des années avant de prendre la mesure de l'ampleur de cette nouvelle mafia qui va se construire petit à petit, prenant une place que personne ne lui destinait dans un système mafieux à bout de souffle.