1771, au temps de la Compagnie Française des Indes. La frégate " l'Hirondelle " et son capitaine, De Villemort, quittent Port Louis pour accomplir une mission secrète : aller voler aux Hollandais des plants de girofles et de muscades dans les îles des Moluques, seul endroit au monde où on les trouve. Benjamin, jeune botaniste de 16 ans converti aux idées nouvelles, fait partie de cette expédition dangereuse qui regroupe marins, savants, cartographes et dessinateurs dans une même aventure. Tempête, tremblement de terre, découvertes de villes lointaines, combat naval se succèdent, au fur et à mesure du voyage. Peu à peu notre héros, lié par une amitié secrète, découvre qu'il y a un traître à bord...