Les esprits malfaisants affluent du Naraku, le puits infernal apparu en plein coeur de Tokyo lors du combat contre le Renard à Neuf Queues ! Pour enrayer le phénomène, le gouvernement a décidé de rouvrir l'Agence de Lutte contre les Cataclysmes Surnaturels. Kensuke hésite à reprendre du service, jusqu'à ce qu'un homme accompagné d'une bête spirituelle noire ranime une partie de la mémoire endormie de Kagura. Au même moment, Yomi, qui a survécu dans le corps d'Izumi, se réveille. Mais lorsque Kensuke s'apprête à la frapper de son sabre, Kagura s'interpose...