Libre de choisir commence comme une chronique familiale et provinciale des années 50. L'histoire gravite autour de deux amies, Anna et Iza, de leurs copains d'école, de leurs familles respectives, et retrace les principales étapes de leurs années d'enfance et d'adolescence. Il flotte un parfum de bonheur simple et très moral - car la morale, dans ces années et ces milieux en pleine ascension sociale, est une chose qui compte.
En 1968, Anna a quinze ans. Elle sort avec Julien, un étudiant un peu plus âgé qu'elle qui l'initie à la musique et à l'esprit communautaire du moment.
Elle en est amoureuse, mais leur relation n'excède pas les limites du flirt adolescent. Mais un soir, au retour d'un concert, Julien la viole. Et Anna est enceinte.
Terriblement traumatisée, la jeune fille veut se débarrasser du foetus. C'est le début du chemin de croix d'Anna. Elle va découvrir que dans cette France de la fin des années 60, avorter n'est pas seulement illégal : aux yeux de presque toute la société, c'est un crime odieux.