Dans son rapport d'activités 2005 adressé au Président de la République à la veille de son intégration dans l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur, le CNER fait part de ses réflexions sur le système français de la recherche, en insistant sur l'aspect de l'évaluation.
Son objectif est double : transmettre ses acquis à la future Agence d'évaluation, et, au-delà, contribuer à l'analyse et à l'évolution du système de la recherche en France.
Compte tenu de l'essor de la compétitivité scientifique internationale, le système français de la recherche doit faire face à de nouveaux défis. Les avis et recommandations que le CNER émet dans le présent rapport devraient constituer une première approche pour y répondre.